Diagnostika celiakie je založena na vyšetření protilátek proti tkáňové transglutamináze a endomysiu v krvi, popřípadě protilátek proti deamidovaným gliadinovým peptidům. Je velmi vhodné vyšetřit protilátky ve třídě IgA i IgG. V případě pozitivního výsledku se přistupuje (zvláště u dospělých) k biopsii tenkého střeva, při níž je nemocnému odebrán malý vzorek sliznice tenkého střeva k mikroskopickému vyšetření. Biopsie se provádí při gastroskopii. V biopsii hodnotí patolog mikroskopické změny sliznice, které jsou klasifikovány dle tzv. Marshovy klasifikace do tří stupňů (viz obrázek). Pokud biopsie prokáže poškození střevní sliznice typické pro celiakii, stanoví gastroenterolog konečnou diagnózu – celiakie a indikuje jedinou možnou léčbu – bezlepkovou dietu.
U dětí, pokud je u protilátek proti transglutamináze překročena horní referenční mez více jak 10x a klinické projevy svědčí pro celiakii, je možné na základě rozhodnutí lékaře upustit od biopsie. Při podezření na DH nemocní podstupují navíc kožní biopsii, kdy se odebírá malý vzorek kůže, ve kterém se prokazují změny charakteristické pro toto onemocnění.
Zmíněná vyšetření je nutné provádět ještě před tím, než pacient začne dodržovat bezlepkovou dietu. V opačném případě totiž může dojít k zamaskování diagnosticky velmi cenných nálezů.
Orientační test z krve na přítomnost protilátek proti transglutamináze ve třídě IgA si může udělat každý sám, a to díky testům Biocard, které jsou volně prodejné v lékárnách. Tímto testem však nelze nahradit odborné lékařské vyšetření. Je však signálem pro provedení odborného vyšetření k definitivnímu určení konečné diagnózy.